Министерство образования и науки Пермского края создано 2006 году на базе Департамента образования Пермской области (Указ губернатора Пермского края от 6 июня 2006 года № 100 "О временной системе управления Пермским краем и временной структуре органов исполнительной власти Пермского края").

В 2013 году Министерство образования Пермского края переименовано в Министерство образования и науки Пермского края (Указ губернатора Пермского края от 12 марта 2013 г. № 19 "Об изменении структуры исполнительных органов государственной власти Пермского края и состава Правительства Пермского края").

Министерство образования и науки Пермского края возглавляет Кассина Раиса Алексеевна.